# Graeme Willy, joué par Simon Pegg, porte un tee-shirt de Star Wars, épisode V : L'Empire contre-attaque. Autre référence à Star Wars, le film contient le morceau Cantina Band, extrait de Star Wars, épisode IV : Un nouvel espoir.
# Au début du film, un chien lève la tête. Dans Shaun of the Dead, les personnages incarnés par Nick Frost et de Simon Pegg se chamaillent pour savoir si un chien peut ou non regarder en l'air.
# L'agent Zoil surnomme Paul « Demi-Lune », en référence au nom du personnage de Jonathan Ke Quan dans Indiana Jones et le Temple maudit.
# Le film contient des références à la série Star Trek :
* Les deux héros visitent le site de Vasquez Rocks, lieu culte pour les amateurs de la série.
* Lorsque les deux amis font un combat dans le désert, ils portent un masque de Gorn, une créature de Star Trek et reproduisent une scène de l'épisode Arena de la saison 1 de la série. La musique All over the world est extraite de cet épisode.
* Plusieurs fois dans le film, Clive Gollings (joué par Nick Frost) parle en Klingon.
# Les personnages arrivent à la fin du film à la Devils Tower qui est une référence au film de Steven Spielberg, Rencontre du troisième type .
# Lorsque Paul remonte dans son vaisseau, il propose à Tara de venir avec lui, elle lui dit alors qu'elle n'a pas de brosse à dents, et Paul lui répond « Là où on va on a pas besoin de dents », en référence à Retour vers le futur à la fin et Retour vers le futur II au début où Doc dit à Marty « La route ? Là où on va on a pas besoin de route ». Aussi, les héros cachent leur camping-car derrière un grand panneau publicitaire en bois dans le désert pour échapper aux agents fédéraux, un lieu fortement similaire à la cachette de la DeLorean dans les deux premiers épisodes de la même trilogie de Zemeckis.
# Lorsque Ruth monte dans le camping-car, elle demande où est le troisième type (référence au film Rencontre du troisième type), parlant de Paul qui est caché dans les toilettes
# Lorsque Paul conseille Steven Spielberg sur ses prochains films par radio, il parle d'E.T. et le plan suivant fait directement référence à la zone 51 que l'on peut voir dans Indiana Jones et les Aventuriers de l'arche perdue ainsi que dans Indiana Jones et le Royaume du Crâne de Cristal. Par ailleurs la séquence finale est un clin d'œil au départ d'E.T.
# Le gimmick sonore émis par le feu d'artifices à « cinq tons » est le même que le code musical permettant aux humains de communiquer avec le vaisseau extraterrestre dans Rencontres du troisième type.
# Il y a un comique de répétition sur une femme à trois seins, référence directe à Total Recall.
# Le film suggère que Paul a créé les personnages de Fox Mulder et Dana Scully.
# Jason Bateman interprète l'agent Lorenzo Zoil, référence au film Lorenzo (film)
# Les agents gouvernementaux sont régulièrement appelés Men in Black comme dans le film du même nom.
# Simon Pegg porte également un tee-shirt Eightball, référence au comic book de Daniel Clowes. On le voit également porter un tee-shirt Flash (DC comics).
# Nick Frost porte un tee-shirt à l'effigie de l'étrange créature du lac noir, et un autre de l'Empereur Ming, l'ennemi juré de Flash Gordon.
# On peut entendre un Wilhelm scream lorsque Haggard, au volant de sa voiture, tombe d'une falaise.
# Le film reçoit la participation de Sigourney Weaver dans le rôle du « Grand Manitou », qui fut l'interprète de Ellen Ripley, l'héroïne de la saga Alien.
# À la fin du film, lorsqu'ils présentent leur livre, Nick Frost porte un T-Shirt avec les écritures de l'anneau de la saga Le Seigneur des anneaux.
"Men in Black" n'est pas nécessairement une allusion au film, Monsieur Wikipédia.